１年次 医学教育導入課程
第１年次においては「基礎教養科目」の学習が主となります。
総合大学である京都大学では、人文科学・社会科学、自然科学、外国語を幅広く学習して基盤的知力、学術的教養を身につけ、将来の学習の基礎となる地盤を形成します。同時に医師・医学研究者の素養を育むべく、研究室で実際に研究の手法を学ぶ「ラボ・ローテーション」、医療機関でのボランティア実習を通してコミュニケーション能力を養う「外来患者支援実習」「病棟体験実習」、また、生命科学をテーマに少人数のゼミ形式で教員と議論し英語でのプレゼンテーション能力を養う「基礎医学生物学」を開講しています。
２～４年次 医学教育課程
第２年次には、基礎教養科目とともに医学部の授業として科学英語（医学）（コミュニケーションを中心とし、プレゼンテーションなども英語で行う）が設けられています。第２年次から本格的に始まる本学の医学教育の特色として「レベル・システム方式」があげられます。これは、伝統的な学問体系に即した授業（解剖学、生理学、病理学など）について、はじめに分子や細胞など人体の構成要素（レベル）において、その構造、機能などを横断的に学習し、続いて人体の臓器別の機能と病理（システム）をさらに深く学習します。専門的な医学的知識とともに、患者とのコミュニケーション能力、チーム医療の重要性なども学習します。また、第４年次の秋学期には、京都大学が誇る世界レベルの研究室や海外の大学・研究機関に学生を配属、指導教員の助言・指導のもとに学生自身の適性に合った研究活動に専念する「マイコース・プログラム」という自主的な研究期間を設けています。本プログラム中の研究成果が国際学会等で発表されることもあります。
５～６年次臨床実習課程
第５年次から第６年次にかけては、実際に病院に出て臨床実習を行います。京都大学には地域の中核となる大規模な関連病院が数多くあります。学生は、本学の附属病院とこれらの関連病院で臨床経験を積みます。実習では、診療各科をローテイトしながら臨床の実際を学び、地域医療機関と連携し、豊富な臨床経験をもつ指導医による少人数教育が行われます。移植医療や分子治療・再生医療などの先端医療の臨床を体験できるのも京都大学の臨床実習の特徴です。海外の大学・医療機関での実習希望者にも積極的にサポートを行い、グローバルに活躍する医師を養成します。