（令和7年4月1日現在）
| 医学研究科長・医学部長 | 伊佐 正（教授） |
|---|---|
| 医学部人間健康科学科長 | 青山 朋樹（教授） |
| 教育研究評議会評議員 | 髙折 晃史（教授） |
| 教育研究評議会評議員 | 藤田 恭之（教授） |
| 副研究科長 | 花川 隆（教授） |
| 副研究科長 | 波多野 悦朗（教授） |
| 副研究科長 | 溝脇 尚志（教授） |
| 副研究科長 | 今中 雄一（教授） |
| 副研究科長 | 青山 朋樹（教授） |
| 研究科長補佐(男女共同参画担当) | 柳田 素子（教授） |
| 医学専攻長 | 伊佐 正（教授） |
| 医科学専攻長 | 花川 隆（教授） |
| 社会健康医学系専攻長 | 今中 雄一（教授） |
| 人間健康科学系専攻長 | 青山 朋樹（教授） |
| 京都大学・マギル大学ゲノム医学国際連携専攻長 | 斎藤 通紀（教授） |
| 附属動物実験施設長 | 渡邉 大（教授） |
| 附属先天異常標本解析センター長 | 羽賀 博典（教授） |
| 附属総合解剖センター長 | 羽賀 博典（教授） |
| 附属脳機能総合研究センター長 | 花川 隆（教授） |
| 附属ゲノム医学センター長 | 松田 文彦（教授） |
| 附属医学教育・国際化推進センター長 | 伊佐 正（教授） |
| 附属がん免疫総合研究センター長 | 本庶 佑（特別教授） |
| 附属医療ＤＸ教育研究センター長 | 黒田 知宏（教授） |
| 附属ヘルスセキュリティセンター長 | 今中 雄一（教授） |
| 医学図書館長 | 村井 俊哉（教授） |
| 医学部附属病院長 | 髙折 晃史（教授） |
| 副病院長 | 松田 秀一（教授） |
| 副病院長 | 矢部 大介（教授） |
| 副病院長 | 妹尾 浩（教授） |
| 副病院長 | 平井 豊博（教授） |
| 副病院長 | 溝脇 尚志（教授） |