セガレン・ボルドー大学と京都大学医学研究科は2006年に学術交流協定、2007年に学生交流協定を結んでおり、医学生が互いの附属病院で臨床実習を行うなど活発な学生交流を行っています。また、同大学は2014年に総合大学として再編成することが決定しており、今後は医学領域にとどまらず、先端マテリアルや考古学など他分野においても本学と強いパートナーシップを築くべく、一層の交流促進が期待されます。
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小西靖彦教授（医学教育推進センター長）、Mr. Kentaro Mori（日本―ボルドー大学間パートナーシップオフィサー）、湊長博教授（医学研究科長）、Prof. Manuel Tunon de Lara（セガレン・ボルドー大学 学長）、Prof. Vincent Dousset（セガレン・ボルドー大学副学長（外部交流））、松田文彦教授（医学研究科国際交流委員長）