学位授与は、研究テーマにつき所属教室の指導教員（恒常的指導）と討論し、早い時期に教育コースミーティングでそのテーマの研究背景・目的・発展性などにつき発表して、関連分野の教員からも助言を受ける。研究の進展につれ、必要となった実験技術について、随時、コースでの実験技術指導を受ける。

学生は学位研究のプロセスを教育コースミーティングにおいて発表し、教育コース教員は履修学生の研究進捗状況を把握し、場合よっては、合宿・コロキウムでの外部評価も経験させ、多面的に評価をうける。学位論文の審査は、最終的には研究科で設置される調査委員会で行われるが、その前に、最も専門性の近い教育コースミーティングで徹底した議論を受ける。

本医学研究科・医学専攻の教育課程の編成は、上の履修プロセスの概念図に示す通り、所属教室での専門分野教育と大学院教育コースでのコースワーク教育の2本立てで行う。

所属教室での専門分野教育は、論文精読、セミナー、学会への参加・発表などで、専門分野の最新の研究動向、知識、技術が伝授され、研究テーマの選定とそれに沿った徹底した研究指導を行う。それとともに、大学院生は、いずれかの大学院教育コースに登録し、当該分野の自分の研究を発表するとともに、他の大学院生、教員の研究発表を聞き、討議することにより、当該研究分野に関してより幅の広い知識と考え方を得る。