同じ教室・分野に所属する学生Aは、教員ｘと共に「発生・細胞生物学・システム生物学コース」に参加し、学生Bは、教員ｙと共に「免疫・アレルギー・感染コース」に参加する。また学生Aが研究テーマの展開・発展に伴い「腫瘍学コース」にも参加することも可能である。

他分野からの教員・学生が参加する各コースでの研究発表会で相互討論し、個々の分野では得られない技術および助言を受ける。さらにRIセンター、動物実験センター、形態学技術支援、プロテオミクス解析、動物行動解析、医学・生物統計相談等の技術支援も適宜受ける。

基礎・臨床の教室の教員も同じコースに参加し、参加コースも流動的でよいこととする。

教員が主となるコース会議において、各コースの履修目標・内容の検討が継続的に行われる。またコース運営担当院生もコース会議に出席し、運営を補助し、積極的に提言する。

コースミーティング（研究会）は月1回（年10回）行い、年2回の合宿研究会も開催する。各コースで学生主導の研究プログラムの作成と成果討議の機会を通して、自立した研究者としての教育が行われる。コースの全体会議としてオーガナイザー会議を設置する。

コース事務局はコース登録・管理、実習ローテーションの受付・管理、各コース研究会や会議の日程調整、学生へのオリエンテーションと広報、全コース共通カリキュラム及びオーガナイザー会議の企画・運営などの業務を行う。

なお、２０２１年度より開催されるリハビリテーション医学コース(青山朋樹オーガナオイザー)、メディカルAIコース（奥野恭史オーガナオイザー）、ケアリング科学コース(任和子オーガナオイザー)は人間健康科学系専攻が主となって開催され、主に人間健康科学専攻博士後期、修士の学生が履修する。医学系専攻、医科学専攻後期博士、修士の学生も受講可とするが、単位取得はできない（卒業に必要な単位は従来のコースで取得すること）。受講希望があれば、教育コース事務室へ連絡し、手続きすること。