分野別14コース

発生・細胞生物学・システム生物学コース

免疫・アレルギー・感染コース

腫瘍学コース

ゲノム・オミックス統計解析コース

神経科学コース

生活習慣病・老化・代謝医学コース

再生医療・臓器再建医学コース

病理形態・病態医学コース

臨床研究コース

社会健康医学コース

医工情報学連携コース

リハビリテーション医学コース

メディカルAIコース

ケアリング科学コース

ゲノム・オミックス統計解析

1. 概 要:

本コースは、ゲノム・トランスクリプトーム等の大規模データ型サイエンスに対応することを目的としたコースで、大きくわけて(1)コンピュータにかかわること、(2)統計解析に関することを扱います。医科学・医学の研究を進めるうえで必須の知識・技術の一つではありますが、解析自体を専攻する大学院生はごく少なく、大部分の大学院生はメインとなる研究テーマの遂行のために副次的に必要となる内容と考えられます。題材はオミックスと呼ばれる分野を主な対象とし、データのハンドリング・データシミュレーション・統計解析に関するハンズオン型の実習に重きを置きます。なお、データ解析と一言でまとめることはできますが、実際には多岐に渡るので、年度により実施内容は変わります。

 

令和3年度は、こちらのサイト http://www.meduniwien.ac.at/msi/biometrie/MIMB/omics_frameset.html の内容を実施します。Rを用いた発現解析のチュートリアルを1年かけて実施します。

初回のオリエンテーションのときに、参加者を大まかに2グループ(初心者グループと非初心者グループ)に分けます。

そのうえで第2回は週末の終日集中セミナー会とし、初心者グループはRのごく初歩を1日かけて学び、チュートリアルコンテンツのコピーペーストをして、何をしているのかにはついて行けるところまで進みます。対面が可能なら対面で、対面が難しければ、zoomで画面共有しながら実施します。

非初心者グループのメンバーには、発現解析チュートリアルとは異なる課題を出しますので、コースオーガナイザと相談しながら課題を実施し、レポートを作成します。

第3回以降は、発現解析コンテンツを進めていきます。

※ 第2回の週末終日集中会の参加は単位取得に必須とします

※ 原則として、全回に出席の上、実施内容と実施の際の質問を宿題として提出することを単位取得の条件とします。やむを得ず欠席する場合は、予め、コースオーガナイザに連絡して了承を取った上で、欠席の遅れを取り戻すべく、当該会の内容を自分で実施し、実施内容と実施の際の質問を宿題として提出することは必須とします

This course focuses on large-scale data science in medicine, such as genome and transcriptome. It handles (1) computation and (2) statistical analysis. Both are essential for medical science researches these days. In the course multiple papers based on omics studies and the participants study data-handling, data-simulation, statistical analyses with hands-on materials. Because the topics that are related to the course aim are broad and the contents of every year vary.

This academic year, 2021, is organized as below.

The differential expression analysis with R is the topic. The contents are here: http://www.meduniwien.ac.at/msi/biometrie/MIMB/omics_frameset.html .

The 1st class is the orientation session. The participants will be grouped into two; the one is for beginners and the other is for non-beginners.

The 2nd class is scheduled in a weekend and it will be the “WHOLE-DAY CRAM SEMINAR”. The beginners will go through the basics of R so that they can copy-and-paste and follow the 3rd session and thereafter. The cram for the beginners will be held in face-to-face or in zoom meeting with display shared.

The non-beginners will be assigned multiple tasks for the 2nd class CRAM DAY and they should work on the tasks with assistance of the organizers.

From the 3rd session and thereafter, all work on the tutorial contents together.

※  Attendance to the 2nd cram day is required for the credit.

※ In principle, the attendance to all the classes and to report the works of each month with questions as homework are required for the credit. If any participant can not attend the class, contact the organizers in advance and get its approval. Even when they don’t attend the class, they have to report the work with questions of the content of that particular session. Otherwise the credit will not be issued.

2.構 成:

分野等名 教授 教授 講師 助教
ゲノム医学センター
疾患ゲノム疫学 松田文彦
統計遺伝学 ◎山田 亮
学際融合教育研究推進センター

スーパーグローバルコース医学生命系ユニット
長崎正朗(特定教授
京都大学・マギル大学ゲノム医学国際連携専攻 川口修治
(◎):オーガナイザー

3.内 容:

(1)演習:4単位 原則 第4水曜日(*印は変則)


(令和3年度予定) ゲノム・オミックス統計解析コース
 

参加前に
Rの実行環境の整備。自力で出来ない履修者は統計遺伝学分野に5月10日までに連絡を取り、ACの指導のもと整備を終えること

In advance

R should be installed in your laptop computer.

If you could not it by yourself, please contact

Statistical Genetics office.

statgenetJimu@genome.med.kyoto-u.ac.jp

<https://www.med.kyoto-u.ac.jp/organization-staff/research/doctoral_course/r-028/>

by May 10th.

Our AC will tell you the method.

Be sure to finish the setting by the first course meeting.
第1回 5月26日 Orientation.
 

第2回
6月26日

(土曜)
Whole day intensive course work from 9AM through 5:30PM.
第3回 7月28日 Regular hands-on seminar
第4回 9月29日

 
Regular hands-on seminar
 

第5回
 

10月27日
Regular hands-on seminar
第6回  

11月24日
Regular hands-on seminar
 

第7回
12月22日 Regular hands-on seminar
 

第8回
 

1月19日
Regular hands-on seminar

(2)実習:2単位 本コース所属大学院生は、本コースに所属する研究室において、上記内容に沿った計算機実習を受ける。

テキスト: http://www.meduniwien.ac.at/msi/biometrie/MIMB/omics_frameset.html

A tutorial : http://www.meduniwien.ac.at/msi/biometrie/MIMB/omics_frameset.html

※Wifi対応のノートPCを各自持参すること

4.演習・実習 単位に必要なこと:

合格条件は以下の通りです。

(1)第2回の集中セミナーの出席と宿題提出

(2)それ以外の会も、原則、全回出席の上、宿題提出。ただしやむをえない事情があるときは、2回まで欠席可。欠席の場合はあらかじめ断ること。また、欠席回に進んだ範囲は自学の上、宿題を提出すること

Requirements for the credit.

(1)Attend the 2nd cram day seminar and report the homework.

(2)The attendance to all the other seminars and to report their homework is required for the credit in principle. Two is the maximum of absence. When you don’t attend the class, inform it to the organizers in advance. The content of the month should be done on their own and its homework has to be reported.

5.取得目標:

(考え方)
  • データの扱い方
  • データの見方(記述統計)
  • 統計学手法
  • ゲノム・オミックス分野の諸技法
(技術)

統計解析ソフトRを使って解析の基礎と発展的な使い方を習得する
  • 研究データのデータサイエンス的取り扱い手法を学習する