分野別11コース

発生・細胞生物学・システム生物学コース

免疫・アレルギー・感染コース

腫瘍学コース

ゲノム・オミックス統計解析コース

神経科学コース

生活習慣病・老化・代謝医学コース

再生医療・臓器再建医学コース

病理形態・病態医学コース

臨床研究コース

社会健康医学コース

医工情報学連携コース

ゲノム・オミックス統計解析

1. 概 要:

本コースは、ゲノム・トランスクリプトーム等の大規模データ型サイエンスに対応することを目的としたコースで、大きくわけて(1)コンピュータにかかわること、(2)統計解析に関することを扱います。医科学・医学の研究を進めるうえで必須の知識・技術の一つではありますが、解析自体を専攻する大学院生はごく少なく、大部分の大学院生はメインとなる研究テーマの遂行のために副次的に必要となる内容と考えられます。題材はオミックスと呼ばれる分野を主な対象とし、データのハンドリング・データシミュレーション・統計解析に関するハンズオン型の実習に重きを置きます。なお、データ解析と一言でまとめることはできますが、実際には多岐に渡るので、年度により実施内容は変わります。

平成31年度は、R言語のややアドバンストな内容とします。1年を通じて、Shinyと呼ばれる仕組みを使って、履修者各自の研究・興味に沿ったインターラクティブなアプリケーションの作成を行います。作成を通じて、Rのスキルの習得・統計手法の理論的側面と実務的側面を総合的に学びます。R言語の初心者も参加できるように、初めにR言語の丸一日の集中講座をリトリートの代わりに実施します。Rの初歩ができる履修者は、この集中講座日には、描図・関数作成・シミュレーション等、各自の必要に応じたテーマに取り組みます。

初回はグループ分け・テーマ設定などを含むオリエンテーション。引き続いて集中講座日。その後12月までは、参加者で助け合いながら各自の課題に取り組み、最終回(1月)は成果物発表会とします。

This course focuses on large-scale data science in medicine, such as genome and transcriptome. It handles (1) computation and (2) statistical analysis. Both are essential for medical science researches these days. In the course multiple papers based on omics studies and the participants study data-handling, data-simulation, statistical analyses with hands-on materials. Because the topics that are related to the course aim are broad and the contents of every year vary.

 

This academic year, H31, is organized as below.

The contents of this year is relatively advanced. The participants should make an interactive application of their own interest in R language and its module called “shiny. Through the production of the application, the participants will improve their R skills and learn the theoretical and applied aspects statistical methods. A whole day intensive course-day will be held so that the R beginners can catch up the other participants. Non-beginners should use the intensive course-day to improve their R skills in a particular topic of their own preference, such as data-visualization, making functions, simulation and so on.

The first month is the orientation including grouping the participants and selection of topics, followed by the intensive course day in the 2nd month. Thereafter, the participants will develop their application with mutual assistance. The participants will present their product to the other members.

2.構 成:
分野名等 教授 准教授 講師 助教
ゲノム医学センター
疾患ゲノム疫学  松田文彦  鎌谷洋一郎
統計遺伝学 ◎山田 亮
(◎):オーガナイザー

3.内 容:

(1)演習:4単位 原則 第4水曜日(*印は変則)


 
(平成31年度予定) ゲノム・オミックス統計解析コース
 

参加前に
  Rの実行環境の整備。自力で出来ない履修者は統計遺伝学分野に5月10日までに連絡を取り、ACの指導のもと整備を終えること

 

In advance

R should be installed in your laptop computer.

If you could not it by yourself, please contact

Statistical Genetics office.

statgenetJimu@genome.med.kyoto-u.ac.jp

<http://www.med.kyoto-u.ac.jp/organization-staff/research/doctoral_course/r-028/>

by May 10th.

 

Our AC will tell you the method.

Be sure to finish the setting by the first course meeting.

 
第1回 5月

22日
Orientation. The participants will set their goal product. The participants will be separated into two groups, “beginners” and “non-beginners”, for the intensive course in June
 

第2回
6月

22日

(Sat)
Whole day intensive course work from 9AM through 6PM.
第3回 7月

24日
Regular hands-on seminar
第4回 9月

25日
Regular hands-on seminar
 

第5回
 

10月

23日
Regular hands-on seminar
第6回  

11月

27日
Regular hands-on seminar
 

第7回
12月

25日
Regular hands-on seminar
 

第8回
 

1月

22日
Product presentation.

(2)実習:2単位 本コース所属大学院生は、本コースに所属する研究室において、上記内容に沿った計算機実習を受ける。

※Wifi対応のノートPCを各自持参すること

4.演習・実習 単位に必要なこと
合格条件は以下の通りです。

(1)5,7,9,10,11,12月の6回のうち、4回以上の出席

(2)6月の1日集中日と1月会の出席は必須

 

5.取得目標:

(考え方)
  • データの扱い方
  • データの見方(記述統計)
  • 統計学手法
  • ゲノム・オミックス分野の諸技法
(技術)
  • 統計解析ソフトRを使って解析の基礎と発展的な使い方を習得する
  • 研究データのデータサイエンス的取り扱い手法を学習する