分野別11コース

発生・細胞生物学・システム生物学コース

免疫・アレルギー・感染コース

腫瘍学コース

ゲノム・オミックス統計解析コース

神経科学コース

生活習慣病・老化・代謝医学コース

再生医療・臓器再建医学コース

病理形態・病態医学コース

臨床研究コース

社会健康医学コース

医工情報学連携コース

ゲノム・オミックス統計解析

1. 概 要:

本コースは、ゲノム・トランスクリプトーム等の大規模データ型サイエンスに対応することを目的としたコースで、大きく分けて(1)コンピュータにかかわること、(2)統計解析に関することを扱います。医科学・医学の研究を進めるうえで必須の知識・技術の一つではありますが、解析自体を専攻する大学院生はごく少なく、大部分の大学院生はメインとなる研究テーマの遂行のために副次的に必要となる内容と考えられます。題材はオミックスと呼ばれる分野を主な対象とし、データのハンドリング・データシミュレーション・統計解析に関するハンズオン型の実習に重きを置きます。なお、データ解析と一言でまとめることはできますが、実際には多岐に渡るので、年度により実施内容は変わります。

平成29年度は、毎月、テーマ論文を定め、その『統計解析に関するメソッド』を予習してきたうえで、その内容を相互に説明しあい、時間内での調べものをしたりします。また、リトリートでは、統計解析・バイオインフォマティクス関連のコンピュータスキルの集中演習を行います。

通常回は、2回ごとに1論文を設定し、それぞれの論文について

1回目 予習:論文のアブストラクトを読んできて概要をつかむ。図とテーブル
を読んできて、何をどう扱っているかの概観を持ったうえで、出席する。クラス
時間中は、論文の解析メソッド(オミクス系・大規模データ解釈系手法に限定す
る)の項目をみんなで読み、不案内な概念・手法を列挙し、時間がある限り、そ
の場で調べる。積み残しを次回への課題とする(Moodleで提出)。

2回目 1回目に決めた課題を持ちより、勉強を続ける。第2回の課題は、当該
論文の対象解析手法全体についてレポートを書く。

2.構 成:
分野名等 教授 准教授 講師 助教
ゲノム医学センター
疾患ゲノム疫学  松田文彦
統計遺伝学 ◎山田 亮
(◎):オーガナイザー

3.内 容:

(1)演習:4単位 原則 第4水曜日(*印は変則)


 (平成29年度予定)ゲノム・オミックス統計解析コース
第1回 4月26日 Divergent clonal evolution of castration-resistant neuroendocrine prostate cancer Nature Medicine 22, 298–305 (2016) doi:10.1038/nm.4045
第2回 5月24日 同上
第3回 6月28日 High-throughput allele-specific expression across 250 environmental conditions Genome Res. 2016. 26: 1627-1638 doi:10.1101/gr.209759.116
第4回 7月26日 同上
*リトリート 9月7日~9月8日
集中演習

統計解析・バイオインフォマティクス関連のコンピュータスキル
第5回 10月28日  Resting-state connectivity biomarkers define neurophysiological subtypes of depression Nature Medicine (2016) doi:10.1038/nm.4246
第6回 11月29日  同上
第7回 12月20日  Microbiota Diurnal Rhythmicity Programs Host Transcriptome Oscillations Cell , Volume 167 , Issue 6 , 1495 – 1510.e12 DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.003
第8回 2018年1月24日  同上

(2)実習:2単位 本コース所属大学院生は、本コースに所属する研究室において、上記内容に沿った計算機実習を受ける。

※各回の内容詳細は
※https://gradcoursestatgenetku.moodlecloud.com/course/view.php?id=5
(統計遺伝学分野セミナーサイト)にアクセスし、ログイン名”guestsan”、パスワード”guestsan”でログインし”Formals > 2017 >GOS2017”を閲覧してください。
※Wifi対応のノートPCを各自持参すること

4. 演習・実習 単位に必要なこと
合格条件は以下の通りです。
(1)4,5,6,7,10,11,12,1月の8回のうち、6回以上の出席
(2)同8回全ての課題提出                                                                                                                   (3)リトリートの出席

5.取得目標

(考え方)


  • データの扱い方
  • データの見方(記述統計)
  • 統計学手法
  • ゲノム・オミックス分野の諸技法

( 技術 )データのハンドリングに必要な基本的なコンピュータ知識